Polymerase Chain Reaction

the important point to understand PCR:

1. mengikuti proses replikasi alami yang terjadi didalam sel namun dilakukan secara in vitro (tanpa organisme)
2. digunakan untuk mengisolasi gen atau sekuen DNA yang ada pada DNA genom (DNA total suatu mahluk hidup yang berasal dari inti sel maupun organel lain yg memiliki bahan genetik, spti kloroplas dan mitokondria)
3.  ada 3 tahap utama yaitu:

1. denaturasi: karena struktur DNA berbentuk untai ganda dan proses pengkopian sekuen DNA hanya dapat terjadi jika DNA dalam keadaan single strand (untai tunggal), maka perlu dilakukan denaturasi pada ikatan hidrogen antar untai DNA.
2. annealing (penempelan primer): proses penempelan primer pada DNA. primer merupakan sekuen basa nitrogen dengan panjang sekitar 25-30 basa, ada dua macam primer yaitu primer reverse dan forward, kedua primer ini bekerja berlawanan arah dan menempel  pada untai yang berbeda. primer forward akan bekerja dari ujung 5' ke '3, sedangkan primer reverse bekerja sebaliknya. primer dapat didisain sesuai dgn gen target yang akan diamplifikasi menggunakan program bioinformatik spti bioedit, primer3 dll. primerdigunakan sebagai sekuen awal yang akan di amplifikasi
3. pemanjangan (extensi): proses ini merupakan tahap terakhir untuk mengamplifikasi DNA, primer yang sudah menempel akan dipanjangkan dengan bantuan enzim taq polymerase. gen yang "tercetak" merupakan komplemen dari cetakannya (jika pada cetakan basa nitrogennya adenin (A) maka yang tercetak adalah Timin (T)). proses pemanjangan akan dihentikan ketika waktu yang diset untuk pemanjangan selesai. dan bagaimana bisa gen yg diamplifikasi ukurannya sesuai dgn yg kita inginkan? SILAKAN DIINGET LG PENJELASAN PADA SAAT PRAKTIKUM... masih ingetkan waktu di lab bio5??? pada proses pemanjangan ini ada 2 bahan penting yang bekerja yaitu dNTP dan taq polymerase.  apa gunanya dNTP?? ada yg tau???
4. untuk memperbanyak jumlah gen yang diamplifikasi maka PCR dilakukan dgn beberapa siklus, maksud siklus disini yaitu jumlah pengulangan tahapan PCR dari denaturasi sampai ekstensi yang dilakukan beberapa kali (20-40 kali).
5. ini ada animasinya silakan di buka http://www.youtube.com/watch?v=_YgXcJ4n-kQ
6. penjelasan diatas hanya berlaku untuk PCR biasa dgn DNA (double strand sebagai cetakan), kalau cetakannya RNA maka prosesnya akan berbeda.

semoga bermanfaat... yg mau diskusi atau nanya tentang PCR dan yang lainnya silakan komen
atau yg masih bingung dgn istilah2 diatas boleh komen jg...
atau yang mau nambahin juga boleh komen...

thx u

best regards,-Fajri-